Menurut Payamta (dikutip dari Suta, 1992) keputusan merger dan akuisisi selain membawa manfaat juga tidak terlepas dari permasalahan diantaranya biayauntuk melaksanakan merger dan akuisisi sangat mahal dan hasilnyapun belum pasti sesuai dengan apa yang diharapkan. Disamping itu, pelaksanaan akuisisi juga dapat memberikan pengaruh negatif terhadap posisi keuangan dari acquiring company apabila strukturisasi dari akuisisi melibatkan cara pembayaran dengan kas dan melalui pinjaman. Permasalahan yang lain adalah kemungkinan adanya corporate culture, sehingga berpengaruh pada sumber daya manusia yang dipekerjakan.
Disamping memiliki alasan untuk melakukan merger dan akuisisi, Hitt (2001, h. 308) menyatakan akuisisi juga dapat memiliki masalah dalam meraih suksesnya, yaitu : 1. Kesulitan Intergrasi 2. Evaluasi sasaran yang tidak memadai. 3. Utang yang besar atau luar biasa. 4. Ketidakmampuan untuk mencapai sinergi. 5. Terlalu banyak diversifikasi. 6. Manager terlalu focus pada merger dan akuisisi. Sementara Brigham (2001) menyatakan alasan suatu merger dan akuisisi tidak berhasil adalah : 1. Kesulitan menentukan nilai perusahaan target secara akurat. 2. Biaya konsultan yang mahal. 3. Meningkatnya kompleksitas birokrasi. 4. Biaya koordinasi yang mahal. 5. Seringkali menurunkan moral organisasi. 6. Tidak menjamin nilai peningkatan perusahaan. 7. Tidak menjamin peningkatan kemakmuran pemegang saham. Merger dan akuisisi diungkapkan oleh Bengtsoon, (1994, h. 13) sesungguhnya akan bekerja lebih baik dan berlangsung lebih lama jika dimotivisir oleh sasaran yang jelas dan strategi serta didukung oleh tindakan yang telah direncanakan secara tepat dalam semua prosesnya