Penyusunan anggaran sektor publik pada dasarnya tidak berbeda jauh dengan sektor swasta. Penyusunan anggaran sektor publik terdiri atas empat tahapan (Mardiasmo, 2009:70) yaitu: 1) Tahap Persiapan Anggaran. Pada tahap ini dilakukan taksiran pengeluaran atas dasar taksiran pendapatan yang tersedia. Terkait dengan masalah tersebut, yang perlu diperhatikan adalah sebelum menyetujui taksiran pengeuaran hendaknya terlebih dahulu dilakukan penaksiran pendapatan secara lebih akurat. Selain itu harus disadari adanya masalah yang cukup berbahaya jika anggaran pendapatan diestimasi pada saat bersamaan dengan pembuatan keputusan tentang anggaran pengeluaran. Dalam persoalan estimasi, yang perlu diperhatikan adalah terdapatnya faktor “uncertainly” (tingkat ketidakpastian) yang cukup tinggi. 2) Tahap Ratifikasi. Tahap ini merupakan tahap yang melibatkan proses politik yang cukup rumit dan berat. Pimpinan eksekutif dituntut tidak hanya memiliki managerial skill namun juga harus mempunyai political skill, salesmanship dan coalition building yang memadai. Hal tersebut penting karena dalam tahap ini pimpinan eksekutif harus mempunyai rasional atas segala pertanyaanpertanyaan dan bantahan-bantahan dari pihak legislatif. 3) Tahap Implementasi. Setelah anggaran disetujui oleh legislatif, tahap berikutnya adalah pelaksanaan anggaran. Dalam tahap ini hal terpenting yang haru diperhatikan oleh manajer keuangan publik adalah dimilikinya sistem (informasi) akuntansi dan sistem pengendalian manajemen. Manajemen keuangan publik dalam hal ini bertanggung jawab untuk menciptakan sistem akuntansi yang memadai dan handal untuk perencanaan dan pengendalian anggaran yang telah disepakati dan bahkan dapat dihandalkan untuk tahap penyusunan anggaran periode berikutnya. Sistem akuntansi yang baik meliputi pula dibuatnya sistem pengendaian intern yang memadai. 4) Tahap Pelaporan dan Evaluasi. Tahap ini terkait dengan aspek akuntabilitas. Jika tahap implementasi telah didukung dengan sistem akuntansi dan sistem pengendalian manajemen yang baik, maka diharapkan tahap budget reporting and evaluation tidak akan menemui banyak masalah
