Pengendalian Intern merupakan kumpulan dari pengendalian intern yang terintegrasi, berhubungan dan saling mendukung satu dengan yang lainnya (Putra, 2007). Dalam pasal 1, butir 1 PP No. 60 Tahun 2008, dijelaskan pengertian sistem pengendalian intern bahwa Sistem Pengendalian Intern adalah proses yang integral pada tindakan dan kegiatan yang dilakukan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi melalui kegiatan yang efektif dan efisien, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. Lebih lanjut, dalam pasal 1 ayat 1 butir 2 dijelaskan bahwa SistemPengendalian Intern Pemerintah (SPIP) adalah sistem pengendalian intern (SPI)yang diselenggarakan secara menyeluruh di lingkungan pemerintah pusat danpemerintah daerah.
Penyelenggaraan SPIP bertujuan untuk memberikan keyakinan yang memadai bagi tercapainya efektivitas dan efisiensi pencapaian tujuan organisasi. Oleh karenanya para pimpinan wajib melakukan pengendalian atas penyelenggaraan kegiatan pemerintahan dalam rangka untuk mencapai pengelolaan keuangan negara yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel dengan mengacu pada Peraturan Pemerintah nomor 60 tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah. Hal ini sejalan dengan lima tujuan pengendalian sesuai dengan General Standar 300. Standards for the Professional Practice of Internal Auditing, the Institute of Internal Auditor (IIA) seperti yang dikutip oleh Hiro Tugiman (2008) dalam Audit Internal Pemerintah yaitu:
- Dapat dipercayanya dan integritas informasi
Di era globalisasi ini, sistem informasi menjadi begitu penting bagiorganisasi dalam rangka mensikapi perubahan yang serba cepat dalam perubahan kondisi dan lingkungan yang ada dan meningkatnyakecanggihan sarana teknologi informasi. Umumnya, sistem informasidibagi ke dalam 2 (dua) aspek, yakni:
- informasi akuntansi finansialyang menghasilkan laporan keuangan organisasi dan berbagai laporanlainnya seperti penggunaan anggaran atas budget; dan
- sistem informasikegiatan yang menghimpun informasi terkait dengan berbagai aspekkegiatan yang menghasilkan laporan tingkat keberhasilan kinerja. Tujuanpengendalian intern untuk menjaga agar dapat dipercayanya dan integritassistem informasi sangat penting untuk proses pengeambilan keputusanoleh manajemen.
- Ketaatan pada kebijakan, rencana, prosedur, undang-undang dan peraturan
Salah satu cara yang dipakai manajemen untuk menjaga pengendalianintern adalah dengan menetapkan bergagai kebijakan, rencana, danprosedur. Undang-undang biasanya ditetapkan diluar organisasi. Tujuandari pengendalia-pengendalian ini adalah untuk memastikan bahwa suatuoperasi berjalan dengan baik, sistematis, dan berurutan. Kegagalan untukmematuhi pada pengendalian-pengendalian ini akan memgganggu usahayang terkoordinasi, sebagaimana yang dimaksudkan oleh yangbarsangkutan.
- Pengamanan aktiva
Pengendalian yang nyata adalah desain dan implementasi untukmelindungi aktiva/aset pemerintah.
- Ekonomis dan efisiensi pemenfaatan sumber daya
Konsep dasar dalam dunia ekonomi menyatakan bahwa sumber dayaadalah langka. Artinya, ketersediaan atas sumber-sumber ini terbatas,padahal sumber sumber ini dipakai untuk kebutuhan yang tidak terbatasyaitu untuk memenuhi kebutuhan. Prinsip dasar yang harus ditetapkanadalah menggunakan sumber daya yang terbatas seekonomis dan seefisienmungkin untuk memberikan manfaat yang sebesar-besarnya.
- Efektifitas pencapaian tujuan yang telah ditetapkan atas program dankegiatan.
Fokus seluruh pengendalian harus pada pencapaian tujuan dan sasaranorganisasi. Tujuan organisasi tersebut akan diterjemahkan kedalamkegiatan dan program yang dilaksanakan oleh organisasi. Dengandemikian efektivitas atas kegiatan dan program akan mengarah kepadatujuan organisasi