Teori keagenan (Agency Theory) ini digunakan pada pemerintahan. Di sektor publik, teori keagenan dipergunakan untuk menganalisis hubungan prinsipal- agen dalam kaitannya dengan penganggaran sektor publik. Jensen dan Meckling (1976) menjelaskan hubungan keagenan didalam teori agensi, bahwa perusahaan merupakan kumpulan kontrak (nexsus of contract)antara pemilik sumber daya ekonomis (Principal) dan manajer (agent) yang mengurus penggunaan dan pengendalian sumber daya tersebut. Teori keagenan menyatakan bahwa hubungan keagenan merupakan sebuah persetujuan (kontrak) diantara dua pihak, yaitu prinsipal dan agen, dimana prinsipal memberi wewenang kepada agen untuk mengambil keputusan atas nama prinsipal (Jensen dan Meckling 1976). Dalam teori keagenan terdapat perbedaan kepentingan agen dan prinsipal, sehingga mungkin saja pihak agen tidak selalu melakukan tindakan terbaik bagi kegiatan prinsipal.
Teori keagenan telah dipraktekkan pada sektor publik khususnya pemerintah pusat maupun daerah. berikut ini adalah beberapa aturan yang secara eksplisit merupakan manifestasi dari teori keagenan :
1. UU 22/1999 dan 32/2004 yang diantaranya mengatur bagaimana hubungan antara eksekutif dan legislatif. Eksekutif yang dipilih dan diberhentikan oleh legislatif (UU 22/1999) atau diusulkan untuk diberhentikan (UU 32/2004) Merupakan bentuk pengimplemetasian prinsip-prinsip hubungan keagenan di pemerintahan. Eksekutif akan membuat pertanggung jawaban 13 kepada legislatif pada setiap tahun atas anggaran yang dilaksanakan dan setiap lima tahun ketika masa jabatan kepala daerah berakhir
2. PP 109/2000, menjelaskan tentang penghasilan kepala daerah dan wakil kepala daerah.
3. PP 110/2000, PP 25/2004, dan PP 37/2003 mengatur mengenai kedudukan keuangan anggota legislatif. 4. UU 17/2003, UU 1/2004, dan UU 15/2004 merupakan aturan yang secara tegas mengatur bagaimana perencanaan, pelaksanaan, dan pemriksaan keuangan publik (negara dan daerah) dilaksanakan oleh pemerintah.