Kedudukan Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP) tidak berbeda dengan kedudukan auditor internal di sektor privat. Kedudukan APIP secara umum berada di bawah pimpinan instansi pemerintah secara organisatoris. Oleh karena itu auditor APIP yang melaksanakan fungsi pengawasan intern adalah aparatur sipil negara (ASN) yang berada di instansinya masing-masing. Kedudukan kelembagaan APIP tercermin dari seberapa tinggi rentang pertanggungjawaban APIP, dalam hal ini kepada siapa APIP bertanggung jawab. Standar Audit Intern Pemerintah Indonesia (2013:11) menyebutkan bahwa pimpinan APIP harus melaporkan ke tingkat pimpinan kementerian/lembaga/ pemerintah daerah yang memungkinkan kegiatan audit intern dapat memenuhi tanggung jawabnya. Kedudukan kelembagaan APIP juga tercermin dari seberapa tepat posisi APIP dalam instansi pemerintah. Standar Audit Intern Pemerintah Indonesia (2013:11) mengharuskan posisi APIP untuk ditempatkan secara tepat.
Walaupun tidak ada definisi yang tegas seperti apa posisi APIP yang tepat, Standar Audit Intern Pemerintah Indonesia (2013:11) mengindikasikan posisi yang tepat adalah ketika APIP bebas dari intervensi dan memperoleh dukungan yang memadai dari pimpinan kementerian/lembaga/pemerintah daerah sehingga dapat bekerja sama dengan auditee dan melaksanakan pekerjaan dengan leluasa. Kedudukan kelembagaan APIP juga tercermin dari seberapa luas hak akses APIP atas dokumen dan sumber daya. Ramesh (2003:4) menyebutkan sebagai berikut. “The head of the internal auditing department should be responsible to the management/board in the organisation with sufficient authority to promote independence and to ensure broad audit coverage, adequate consideration of audit reports, and appropriate action on audit recommendations”. Dengan kata lain, auditor internal harus memiliki hak akses yang memadai terhadap seluruh dokumen dan sumber daya dalam melaksanakan tugasnya. Hal ini pun selaras dengan Standards for The Professional Practice of Internal Auditing (2012:3) yang menyebutkan bahwa kepala audit internal harus memiliki akses langsung dan tak terbatas kepada manajemen senior dan dewan. Standar Audit Intern Pemerintah Indonesia (2013:10) juga menyebutkan hal senada bahwa APIP harus memiliki akses langsung dan tak terbatas kepada atasan pimpinan APIP. Penegasan hak akses ini pun harus dinyatakan secaratertulis dalam suatu piagam audit (audit charter)