Hal yang harus diperhatikan dalam suatu perusahaan agar dapat memiliki departemen audit internal yang efektif adalah departemen audit internal tersebut memiliki kedudukan audit internal independen dalam organsisasi perusahaan. Independensi audit internal antara lain tergantung pada: 1. Kedudukan departemen audit internal tersebut dalam organisasi perusahaan, maksudnya kepada siapa departemen tersebut bertanggung jawab, 2. Apakah departemen audit internal melibatkan dalam kegiatan operasional. Jika ingin independen, departemen audit internal tidak boleh terlibat dalam kegiaatan operasional perusahaan. Misalnya tidak boleh ikut serta dalam kegiatan penjualan dan pemasaran, penyusunan sistem akuntansi, proses pencatatan transaksi, dan penyusunan laporan keuangan perusahaan. Kedudukan departemen audit internal dalam perusahaan akan menentukan tingkat kebebasannya dalam menjalankan tugas sebagai auditor. Kedudukan ataupun status departemen audit internal dalam suatu perusahaan mempunyai pengaruh terhadap luasnya kegiatan serta tingkat independensinya dalam menjalankan tugasnya sebagai pemeriksa. Jadi, status organisasi dari departemen audit internal harus ditegaskan untuk menyelasaikan tanggung jawab audit. Terdapat tiga alternatif kedudukan departemen audit internal dalam perusahaan, yaitu: 1. Departemen audit internal berada dibawah Direktur Keuangan, 2. Departemen audit internal berada dibawah Direktur Utama, 3. Departemen audit internal merupakan staf dari Dewan Komisaris
