Terdapat tiga jenis audit yang utama, antara lain :
1) Audit Operasional (Operational audit)
Audit operasional sering juga disebut dengan management audit atau performance audit. Audit operasional meliputi penghimpunan dan pengevaluasian atas bukti mengenai kegiatan operasional perusahaan atau organisasi dalam kaitannya dengan pencapaian tujuan secara efisiensi dan efektivitas. Audit operasional memiliki tujuan untuk menilai prestasi, mengidentifikasikan kesempatan untuk perbaikan, serta membuat rekomendasi untuk pengembangan, perbaikan dan tindakan lebih lanjut. Saat pelaksanaannya audit operasional tidak hanya melihat pada sisi akuntansi namun juga mencakup evaluasi atas struktur organisai, operasi komputer, metode produksi, dan semua bidanga uang dapat dikuasi oleh auditor.
2) Audit Ketaatan (Compliance Audit)
Audit Ketaatan berkaitan dengan mengevaluasi bukti yang ada dengan tujuan untuk menentukan apakah kegiatan financial maupun operasi dari suatu entitas telah sesuai dengan aturan-aturan yang telah ditentukan. Hasil dari audit ketaatan biasasnya akan dilaporakan kepada manajemen, bukan kepada pemakai luar, karena manajemen merupakan kelompok utama yang berkepntingan dengan tingkat ketaatan terhadap prosedur dan peraturan yang berlaku.
3) Audit Laporan Keuangan (financial statement audit)
Audit laporan keuangan dilakukan untuk menentukan apakah laporan keuangan suatu perusahaan/organisasi telah disajikan secara wajar sesuai dengan prinsip-prinsip akuantansi yang berlaku umum (GAAP).