Menurut Hansen & Mowen (Fitriasari & Kwary, 2004:377) terdapat kelemahan dan tiga permasalahan yang akan timbul dalam anggaran partisipatif yaitu:
1. Penetapan standar yang terlalu rendah atau tinggi
Penetapan target anggaran cenderung akan menjadi tujuan individual manajer dalam situasi penganggaran partisipatif, sehingga penetapan target anggaran yang terlalu mudah ataupun terlalu sulit akan dapat menyebabkan turunnya kinerja manajer. Bila target terlalu mudah untuk dicapai, maka manajer mungkin akan kehilangan semangat dan kinerjanya akan menurun. Sedangkan bila target anggaran terlalu sulit untuk dicapai, kegagalan pencapaian target tersebut akan menyebabkan frustasi dan mendorong manajer ke arah prestasi kerja yang buruk.
2. Masuknya slack (senjangan) anggaran
Anggaran partisipatif menimbulkan kesempatan bagi manajer untuk menciptakan slack anggaran. Slack anggaran merupakan perbedaan antara jumlah sumber daya yang sebenarnya diperlukan untuk menyelesaikan tugas secara efisien, dengan jumlah yang diajukan oleh manajer yang bersangkutan untuk mengerjakan tugas yang sama. Slack anggaran dalam jumlah besar dapat merugikan perusahaan, sebab sumber daya yang ada mungkin tidak dapat merugikan perusahaan, sebab sumber daya yang ada mungkin tidak dapat digunakan secara produktif karena telah terikat di tempat yang sebenarnya tidak membutuhkannya.
3. Partisipasi semu (pseudoparticipation)
Hal ini terjadi bila manajer puncak memegang kendali total atas proses penganggaran dan pada saat yang sama juga mencari dukungan partisipasi dari bawahannya. Manajer puncak hanya berusaha untuk mendapatkan penerimaan formal dari bawahannya atas anggaran yang disusun, bukan mencari masukan bagi penyusun anggaran. Pseudoparticipation ini menyebabkan tidak diperolehnya efek-efek positif perilaku manajer yang diharapkan dari adanya penerapan anggaran partisipatif dalam. Dalam hal ini bawahan terpaksa menyatakan persetujuannya terhadap keputusan yang akan ditetapkan karena manajer puncak membutuhkan persetujuan mereka