Adapun beberapa kelemahan yang dimiliki SEM adalah sebagai berikut (1) SEM tidak digunakan untuk menghasilkan model namun untuk mengkonfirmasi suatu bentuk model. (2) Hubungan kausalitas diantara variabel tidak ditentukan oleh SEM, namun dibangun oleh teori yang mendukungnya. (3) SEM tidak digunakan untuk menyatakan suatu hubungan kausalitas, namun untuk menerima atau menolak hubungan sebab akibat secara teoritis melalui uji data empiris. (4) Studi yang mendalam mengenai teori yang berkaitan menjadi model dasar untuk pengujian aplikasi SEM
