Kelebihan PLS dibandingkan dengan LISREL mampu menangani dua masalah serius :
(a) Solusi yang tidak dapat diterima (inadmissible solution); hal ini terjadi karena PLS berbasis varians dan bukan kovarians, sehingga masalah matriks singularity tidak akan pernah terjadi. Di samping itu, PLS bekerja pada model struktural yang bersifat rekursif, sehingga masalah un-identified, under-identified atau overidentified juga tidak akan terjadi.
(b) Faktor yang tidak dapat ditentukan (factor indeterminacy), yaitu adanya lebih dari satu faktor yang terdapat dalam sekumpulan indikator sebuah variabel. Khusus indikator yang bersifat formatif tidak memerlukan adanya comon factor sehingga selalu akan diperoleh variabel laten yang bersifat komposit. Dalam hal ini variabel laten merupakan kombinasi linier dari indikator-indikatornya.