Sistem Akuntansi Instansi (SAI) merupakan bagian dari Sistem Akuntansi Pemerintah Pusat (SAPP). Sistem ini dilaksanakan oleh kementerian negara/lembaga yang memproses transaksi keuangan baik arus uang maupun barang.
Pengertian Sistem Akuntansi Instansi sendiri, menurut Peraturan Menteri Keuangan Nomor 59/PMK.06/2005 pasal 1 ayat (26), sebagai berikut :
Sistem Akuntansi Instansi, yang selanjutnya disebut SAI, adalah serangkaian prosedur manual maupun yang terkomputerisasi mulai dari pengumpulan data, pencatatan, pengiktisaran sampai dengan pelaporan posisi keuangan dan operasi keuangan pada Kementerian Negara/Lembaga.
Sistem akuntansi instansi dilaksanakan untuk menghasilkan laporan keuangan sebagai pertanggungjawaban pelaksanaan anggaran dan laporan Barang Milik Negara (BMN) sebagai pertanggungjawaban dan penatausahaan BMN.
Sistem akuntansi instansi berlaku untuk seluruh organisasi Pemerintah Pusat dan unit akuntansi pada Pemerintah Daerah dalam rangka pelaksanaan Dekonsentrasi dan/atau Tugas Pembantuan serta pelaksanaan Anggaran Pembiayaan dan Perhitungan.