Kendala yang selalu dihadapi dalam penyusunan anggaran adalah waktu dan kemampuan staf. Kesulitan waktu muncul sebab adanya sumber penerimaan daerah dari APBN dan APBD I yang perlu dimaksudkan dalam APBD II, oleh karena itu BAPPEDA II baru dapat menyusun anggaran pembangunan daerah, bila kedua anggaran tersebut sudah diketahui jumlah pendanaannya. Kemampuan staf berkaitan dengan pendidikan, pelatihan dan kursus yang masih terbatas.
Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah hendaknya disusun dengan memperhatikan Repelitada dan skala prioritas. Ediharsi, dkk, (1998:105), menemukan bahwa praktek penyusunan anggaran daerah, sebagian besar Daerah Tingkat II belum memperhatikan Repelitada. Hal ini antara lain ditunjukkan : Pertama, belum disusunnya RUPTD/Repetada sebagai dokumen yang menjembatani antara Repelitada dengan anggaran daerah. Kedua, Tim penyusun anggaran melakukan kegiatan di luar ketentuan seperti pertemuan setengah kamar dengan DPRD.
Dalam penyusunan anggaran daerah tahun berikutnya selain memperhatikan Repelitada dan aspirasi masyarakat, diperhatikan juga hasil evaluasi terhadap anggaran daerah tahun lalu guna mengetahui kinerjanya. Untuk evaluasi Belanja Pembangunan sebagai dasar ukuran kinerja adalah rata-rata proporsi dana yang dialokasikan untuk setiap sektor yang ada dalam kelompok belanja pembangunan.
Berkaitan dengan persepsi dari pejabat yang terlibat dalam penyusunan anggaran daerah Ediharsi, dkk (1998 : 104) menyimpulkan antara lain sebagai berikut ini : Pertama, peraturan yang ada tentang penyusunan anggaran daerah dapat diikuti sesuai dengan pedoman dan petunjuk yang ada, namun kedudukan peraturan yang hanya berdasarkan PMDN dirasakan kurang tepat dan mempunyai hambatan untuk dilaksanakan di daerah, PMDN dirasakan tidak bisa mengakomodasi kenyataan bahwa instansi yang terlibat dalam penyusunan anggaran daerah adalah bersifat sektoral, sementara orientasi instansi sektoral lebih bersifat vertikal ke instansi yang lebih tinggi/departemen/pusat. Kedua, prosedur penyusunan anggaran daerah dalam prakteknya tidak seragam, tidak semua daerah mengikuti prosedur penyusunan anggaran daerah bertingkat secara penuh. Hal ini berkaitan dengan belum adanya ketegasan dalam bentuk petunjuk dan pedoman penyusunan anggaran daerah dari pemerintah atasan (Pemerintah Provinsi).
Secara umum menurut Yuwono dkk (2005:159), dalam proses penentuan skala prioritas APBD akan dipengaruhi oleh variable-variabel jangka panjang maupun jangka pendek. Variabel jangka panjang yang dimaksud adalah mengenai (1) kemampuan fungsi dan program dalam mencapai arah dan kebijakan umum APBD, (2) kemampuan program dalam mencapai tujuan dan sasaran yang ditetapkan, (3) kemampuan program dalam memenuhi kebutuhan riil masyarakat, dan (4) kemampuan program dalam pendanaan pembangunan. Sementara itu, variabel jangka pendek yang dimaksud adalah (1) benar-benar dibutuhkanoleh masyarakat, (2) sifatnya mendesak, (3) penting, (4) lolos dari proses scanning, (5) kondisi exciting daerah tersebut, serta (6) hasil pembobotan Indeks Pembangunan Manusia (IPM).