Secara klinis penyebab diare dapat dikelompokkan dalam 6 golongan besar yaitu infeksi (disebabkan oleh bakteri, virus atau infestasi parasit), malabsorpsi, alergi, keracunan, imunodefisiensi dan sebab-sebab lainnya. Penyebab yang sering ditemukan di lapangan ataupun secara klinis adalah diare yang disebabkan infeksi dan keracunan (Depkes RI, 2011).
Menurut Suharyono (2008), ditinjau dari sudut patofisiologi, penyebab diare dapat di golongkan menjadi dua golongan yaitu :
- Diare sekresi (secretory diarrhea) disebabkan oleh:
1) Infeksi virus, kuman-kuman pathogen dan apatogen seperti
- a) Escherichia coli
Produksi enterotoksin oleh E.coli ditemukan sekitar tahun 1970 dari strain yang ada hubunganya dengan penyakit diare. Penelitian selanjutnya menerangkan strain-strain enterotoksigenik dari E.coli sebagai satu hal yang bersifat patogen pada penyakit diare manusia.
- b) Salmonella
Beberapa sepesies adalah ganas terhadap manusia, diantaranya S.typhi, S.paratyphi, S.hirshfeldi, S.oranienburg, S.weltevreden, S.havana, S.javiana. bakteri masuk tubuh manusia melalui makanan dan minuman yang tercemar tangan, tinja penderita atau pembawa kuman. Untuk menyebabkan diare pada orang sehat diperlukan inokulum yang besar.
- c) Shigella
Terdapat empat kelompok spesies yang terdiri dari S.dysenteriae, S.flexneri, S.boydii dan S.sonnei; yang sering dijumpai di daerah tropis. Shigella adalah sangat ganas bagi manusia dan terkenal dapat menyebabkan desentri basil yang sifatnya sangat akut. Sepuluh sampai dua ratus shigella yang virulen cukup dapat mengakibatkan diare.
- d) Vibrio cholera
Pada waktu wabah, terutama anak yang sudah besar dan orang dewasa diserang karena mobilitasnya yang lebih besar. Jarang menyerang anak dibawah 2 tahun.
- e) Vibrio campylobacter
Kuman di temukan dalam tinja selama penyakit berlangsung dan menghilang pada saat penyembuhan (Suharyono, 2008).
2) Difensiensi imunologi
Dinding usus mempunyai mekanisme pertahanan yang baik. Bila terjadi defisiensi ‘S.IgA’ dapat terjadi bakteri tumbuh lama. Demikian pula defisiensi CMI ‘cell mediated immunity’ dapat menyebabkan tubuh tidak mampu infeksi dan infestasi parasit dalam usus. Hal ini mengakibatkan bakteri, virus, parasit, dan jamur yang masuk dalam usus akan berkembang dengan baik sehingga bakteri tumbuh dan akibat lebih lanjut diare kronik dan malabsorsi makanan.
- Diare osmotik (Osmotic diarrhea) disebabkan oleh:
1) Malabsorsi makanan : Malabsorsi karbohidrat, lemak dan protein.
2) Kurang kalori protein.
3) Bayi berat badan lahir rendah dan bayi baru lahir.
Sedangkan menurut Inayah (2006), penyebab diare dapat dibagi beberapa faktor yaitu:
- Factor infeksi
1) Infeksi enteral
Merupakan penyebab utama diare pada anak, yang meliputi: infeksi bakteri, infeksi firus (Enteovirus, Poliomyelitis, Virua Echo Coxsackie, Adeno Virus, Rota Virus, Astrovirus). Infeksi parasit: cacing (Ascaris, Tricuris, Oxyuris, Strongxloides), protozoa (Etamoeba histolitica, Giardia lamblia, Trichomonas homunis), jamur (Canida albicous).
2) Infeksi parenteral
Adalah infeksi diluar alat pencernaan makanan seperti otitis media akut (OMA), tonsillitis/tonsilofaringits, bronkopenemonia, ensefalitis. Keadaan ini terutama terjadi pada bayi dan anak berumur dibawah dua tahun.
- Faktor malabsorsi
Penyebab diare yang disebabkan karena malabsorsi makanan dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu, malabsorsi karbohidrat, lemak, dan protein. Malabsorsi karbohidrat mengakibatkan beban osmotic (diare berair) lalu bakteri dalam kolon membentuk gas (abdomen kembung,tinja berbuih, flatus). Malabsorsi lemak menyebabkan lemak dalam usus keluar berlebihan dalam tinja. Sedangkan malabsorsi protein diakibatkan adanya gangguan pada pankreas dan mukosa usus halus.
- Faktor makanan
Makanan terlalu pedas dan makanan terlalu asam.
- Faktor psikologis
Bias terjadi karena Stress, cemas, ketakutan dan gugup (Suharyono, 2008).