Prosedur penduga PLS melalui dua tahapan yang mendasar. Tahap pertama menggunakan pendugaan iterative dan didapat peubahpeubah laten sebagai kombinasi linier dari sekelompok peubah-peubah penjelasnya. Tahap kedua menggunakan pendugaan noniteratif untuk koefisien model structural dari model pengukuran (Gefen,2000). Pendugaan peubah laten yang telah terdefinisi digunakan untuk menghitung pembobot dan koefisien-koedisien model structural yang diperoleh dengan cara menerapkan metode kuadrat terkecil. Koefisien lintas model structural diperoleh dengan meregresikan setiap hubunganhubungan secara parsial. Inti prosedur PLS menentukan pembobot yang digunakan untuk menduga peubah laten. Pembobot didapat dari hasil regresi dengan metode kuadrat terkecil terhadap peubah penjelas pada setiap blok. Penduga pembobotan dalam masalah ini adalah outward mode yang dapat dihitung berdasarkan regresi sederhana. Outward mode sebenarnya pendugaan pembobotan untuk peubah penjelas refleksif, yaitu peubah penjelas yang diasumsikan sebagai cerminan dari peubah laten (Chin,1998)
