Pendaftaran merek diatur dalam UUM 2001 sedangkan pelaksanaan pendaftaran merek diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 1993 tentang Tata Cara Permintaan Pendaftaran Merek, dan peraturan Pemerintah Nomor 24 tahun 1993 tentang Kelas Barang atau Jasa bagi Pendaftaran Merek. Pendaftaran merek diatur dalam Pasal 7 s.d Pasal 10 UUM 2001. Agar merek dapat didaftarkan, pemilik merek harus memenuhi syarat-syarat pendaftaran merek sebagai berikut ini: 1) Tanda yang mempunyai daya pembeda (capable of distinguishing). Tanda yang tidak mempunyai daya pembeda karena terlalu sederhana, seperti sepotong garis, sebuah titik atau karena terlalu rumit, seperti lukisan benang kusut, tidak dapat dijadikan merek; 2) Tidak bertentangan dengan kesusilaan, ketertiban umum (morality and public order). Lukisan atau perkataan yang melanggar kesopanan, menyinggung rasa keagamaan atau melanggar ketertiban yang hidup dalam masyarakat, seperti lukisan porno, kata vagina tidak dapat dijadikan merek; 3) Bukan milik umum (not becoming public property). Lukisan jempol yang dikenal umum sebagai pujian, sudah menjadi milik umum, sehingga tidak dapat dijadikan merek; 4) Bukan keterangan mengenai barang atau jasa yang dimintakan pendaftaran. Lukisan nanas untuk sirup yang mengandung rasa nanas, lukisan susu untuk minuman susu tidak dapat dijadikan merek; 5) Tidak mempunyai persamaan pada pokoknya atau keseluruhannya dengan milik orang lain yang sudah terdaftar lebih dahulu untuk barang atau jasa yang sejenis yang termasuk dalam 1 (satu) kelas, barang atau jasa yang tidak sejenis; 6) Bukan peniruan atau menyerupai nama atau singkatan nama, bendera, lambing atau symbol atau emblem dari negara atau lembaga nasional maupun internasional, kecuali atas persetujuan tertulis dari pihak yang berwenang; 7) Bukan peniruan atau menyerupai tanda atau cap atau stempel resmi yang digunakan oleh negara atau lembaga pemerintah, kecuali atas persetujuan tertulis dari pihak yang berwenang; 8) Bukan merupakan atau menyerupai ciptaan orang lain yang dilindungi hak cipta, kecuali atas persetujuan tertulis dari pemegang hak cipta tersebut. Permohonan pendaftaran merek diajukan secara tertulis kepada Ditjen HKI. Surat permohonan pendaftaran merek tersebut harus diajukan dalam bahasa Indonesia kepada Ditjen HKI dengan dilengkapi:
Surat pernyataan merek yang dimintakan pendaftaran adalah miliknya; 2) Dua puluh helai etiket merek yang bersangkutan. Jika etiket merek itu ditulis dalam bahasa asing wajib disertai terjemahannya dalam Bahasa Indonesia; 3) Tambahan Berita Negara yang memuat akta pendirian badan hukum atau salinan yang sah akta pendirian badan hukum apabila pemilik merek adalah badan hukum; 4) Surat kuasa apabila permintaan pendaftaran merek dikuasakan kepada orang lain; 5) Pembayaran seluruh biaya dalam rangka permintaan pendaftaran merek yang sejenis, yang besarnya ditetapkan oleh Menteri Kehakiman. Permintaan pendaftaran merek diajukan secara tertulis dalam bahasa Indonesia kepada Kantor Merek (Direktorat Merek), yang telah ditandatangani oleh pemilik merek atau kuasanya. Dalam surat permintaan pendaftaran merek tercantum: 1) Tanggal, bulan dan tahun; 2) Nama lengkap, kewarganegaraan dan alamat pemohon; 3) Nama lengkap dan alamat kuasa apabila permohonan diajukan melalui kuasa; 4) Warna-warni apabila merek yang dimohonkan pendaftarannya menggunakan unsur warna; 5) Nama negara dan tanggal permintaan merek yang pertama kali dalam hal permohonan diajukan dengan Hak Prioritas.
Suatu merek dapat menjadi merek terdaftar harus melalui prosedur pendaftaran merek yang ada. Merek tersebut harus didaftarkan dengan memenuhi syarat-syarat pendaftaran merek. Dalam waktu selambatlambatnya 10 (sepuluh) hari terhitung sejak tanggal disetujuinya permohonan untuk didaftar, kantor merek akan mengumumkan permohonan tersebut dalam Berita Resmi Merek. Pengumuman tersebut akan berlangsung selama 3 (bulan) hari yang dilakukan dengan menempatkannya dalam Berita Resmi Paten yang diterbitkan secara berkala, atau dengan menempatkannya pada sarana khusus yang dengan mudah serta jelas dapat dilihat oleh masyarakat misalnya internet. Selama jangka waktu pengumuman tersebut, setiap orang atau badan hukum dapat mengajukan keberatan secara tertulis kepada kantor merek atas permintaan pendaftaran merek yang bersangkutan. Keberatan tersebut dapat diajukan apabila terdapat alasan yang cukup disertai bukti bahwa merek yang dimintakan pendaftaran adalah merek yang berdasarkan Pasal 6 UUM 2001 tidak dapat didaftarkan atau harus ditolak. Setelah berakhirnya masa pengumuman dan permintaan pendaftaran merek tersebut telah disetujui, maka kantor merek: 1) Mendaftar merek tersebut dalam Daftar Umum Merek; 2) Memberitahukan pendaftaran merek tersebut kepada orang atau badan hukum atau kuasanya yang mengajukan permintaan pendaftaran merek 3) Memberikan sertifikat merek; 4) Mengumumkan pendaftaran tersebut dalam Berita Resmi Merek. Pendaftaran merek dapat dimintakan untuk 2 (dua) kelas barang atau lebih dan/atau jasa secara bersamaan. Prosedur demikian ini memberikan kemudahan kepada pemilik merek dan pemeriksa merek karena administrasi dan penanganan pemeriksaannya lebih sederhana, dan pula tidak bertentangan dengan ketentuan yang mengatur perlindungan hukum terhadap orang atau jasa yang berada pada jenis yang bersangkutan. Merek yang telah terdaftar di Ditjen HKI membawa akibat bagi pemilik merek memperoleh hak atas merek. Pemilik merek diberi hak eksklusif oleh negara untuk menggunakan mereknya dalam dunia perdagangan. Oleh karena itu pemilik merek harus konsekuen dengan merek yang telah terdaftar tersebut. Konsekuensinya pemilik merek harus tetap menggunakan mereknya untuk berdagang dengan tetap memproduksi objek sesuai dengan kelasnya sebagaimana dalam pendaftaran merek.
Apabila pemilik merek pasif, tidak melakukan kegiatan perdagangan dengan menggunakan merek yang telah terdaftar, maka akibatnya merek tidak mendapat perlindungan hukum untuk masa yang akan datang. Dalam hal ini ada dua kemungkinan yang dapat terjadi, yaitu : 1) Pemilik merek tidak dapat memperpanjang masa perlindungan merek; 2) Ditjen HKI melakukan penghapusan pendaftaran merek Mengenai pemilik merek tidak dapat memperpanjang masa perlindungan merek adalah sudah sangat logis karena mereknya saja tidak digunakan dalam perdagangan, tidak ada gunanya pemilik merek diberi kesempatan untuk memperpanjang masa perlindungan mereknya. Kalaupun dilakukan perpanjangan masa perlindungannya merupakan pekerjaan yang sia-sia karena tidak ada gunanya sama sekali. Merek yang demikian walaupun tetap dilindungi hukum akan tetapi tidak ada nilainya. Merek terdaftar yang tidak dugunakan oleh pemiliknya sudah tepat apabila pendaftaran mereknya dihapuskan. Merek yang tidak digunakan selama tiga tahun berturut-turut akan dihapuskan dari pendaftarannya. Pemiliknya saja sudah tidak lagi menggunakannya dan untuk apa harus tetap dilindungi oleh hukum. Dengan dilakukan penghapusan pendaftaran merek oleh Ditjen HKI dapat mencegah perbuatan pelanggaran merek oleh pihak lain yang sengaja memanfaatkan keadaan untuk memperoleh keuntungan yang tidak waja