Sistem adalah cara memungut pajak dan penentuan pajak terhutang bagi wajib pajak, oleh Suandy (2010) ada beberapa sistem pemungutan pajak seperti berikut ini :
- Official Assesment System
Wewenang Pemungutan Pajak ada pada fiskus. Fiskus berhak menentukan besarnya utang pajak orang pribadi maupun badan dengan mengeluarkan surat ketetapan pajak, yang merupakan bukti timbulnya suatu utang pajak. Wajib pajak pasif menunggu ketetapan Fiskal mengenai utang pajaknya.
- Sistem semi Self Assesment System
Suatu sistem pemungutan pajak dimana wewenang untuk menentukan besarnya pajak yang terutang oleh seseorang berada pada kedua belah pihak, yaitu wajib pajak dan fiskus. Mekanisme pelaksanaan dalam sistem ini berdasarkan suatu anggapan bahwa wajib pajak pada awal tahun menaksir sendiri besarnya pajak terutang yang sesungguhnya ditetapkan oleh fiskal.
- Sistem Withholding
Suatu sistem pemungutan pajak dimana wewenang untuk menentukan besarnya pajak yang terutang oleh seseorang berada pada pihak ketiga dan bukan oleh fiskus maupun oleh wajib pajak itu sendiri.
- Sistem Full Self Assesment System
Suatu sistem pemungutan pajak dimana wajib pajak boleh menghitung dan melaporkan sendiri besarnya pajak yang harus disetorkan. Wajib pajak harus aktif menghitung dan melaporkan jumlah pajak terutangnya tanpa campur tangan fiskus. Sistem inilah yang dipergunakan oleh Undang-undang Perpajakan yang sekarang berlaku di Indonesia.