Penyebab dari autisme itu sendiri belum diketahui secara pasti. Menurut beberapa penelitian penyebab autisme disebabkan beberapa faktor pada saat kehamilan antara lain: gangguan saraf otak, virus (cytomegalo, rubella, dan herpes) yang ditularkan oleh ibu ke janin dan lingkungan yang terkontaminasi zat beracun (Febry & Marendra, 2010).
Menurut Boham (2013), gejala pada anak autisme memiliki beberapa faktor penyebab yang kompleks yaitu :
- Kelainan anatomis otak: kelainan yang terdapat dibagian tertentu seperti : cerebellum (otak kecil), Lobus paristalis, dan sistem limbik yang mencerminkan muncul perilaku berbeda pada anak-anak autisme.
- Faktor pemicu tertentu saat hamil yang terjadi pada usia 0-4 bulan yang diakibatkan oleh: Polutan logam berat, infeksi, zat adiktif, hiperemesis, pendarah berat dan alergi berat.
- Zat-zat adiktif yang mencerminkan otak pada anak yaitu: asupan MSG (Monosodium Glutamat), protein tepung terigu atau protein susu sapi, zat pewarna, bahan pengawet.
- Gangguan sistem pencernaan karena munculnya gejala autisme yang berhubungan dengan kekurangan enzim sekretin.
- Kekacauan interpretasi dari sensori yang dapat menimbulkan kebingungan pada anak karena stimulus dipersepsikan oleh anak secara berlebihan sehingga termasuk dalam salah satu penyebab autisme.
- Jamur yang muncul diusus anak dapat mengakibatkan pemakaian antibiotik yang berlebihan dapat memacu gangguan pada otak anak.