Meskipun audit operasional memiliki berbagai keuntungan, namun juga
memiliki beberapa keterbatasan. Keterbatasan tersebut muncul karena audit
operasional tidak mampu menangani seluruh permasalahan yang muncul dalam
suatu perusahaan.
Menurut Widjayanto (2006:23) menyebutkan tiga faktor utama yang
menjadi keterbatasan dalam audit operasional, yaitu:
a. Waktu, merupakan menjadi faktor pembatas karena auditor harus menyediakan
informasi secara tepat waktu untuk menyelesaikan masalah. Sebaiknya audit
operasional dilakukan secara konstan untuk memastikan pembahasan masalah
yang penting bagi perusahaan.
b. Keahlian auditor, menjadi keterbatasan lainnya, mengingat banyak auditor yang
merasa kekurangan pengetahuan dalam mengenali proses bisnis. Auditor
operasional cenderung lebih terampil dalam bidang audit daripada dalam
pembahasan bisnis.
c. Biaya, menjadi faktor pembatas lainnya, karena biaya audit tentu harus lebih
rendah daripada manfaat yang dihasilkan. Oleh karena itu, auditor harus
mengabaikan permasalahan kecil yang mungkin membutuhkan biaya signifikan
jika diselidiki lebih lanjut.
Isi laporan audit operasional dapat bervariasi tergantung pada karakteristik
perusahaan yang diperiksa dan jenis masalah yang ditinjau. Meskipun demikian,
secara umum laporan hasil audit akan mencakup aspek-aspek berikut ini:
- Tujuan dan lingkup audit.
- Prosedur audit yang digunakan oleh auditor.
- Temuan khusus dari hasil audit.
- Rekomendasi untuk tindakan perbaikan dalam penjualan.