Penggunaan dana BOS sepenuhnya menjadi tanggungjawab lembaga yang kegiatannya mencakup pencatatan penerimaan dan pengeluaran uang serta pelaporan keuangan, sehingga memudahkan proses pengawasan atas penggunaan dana. Berdasarkan Juknis dana BOS tahun 2022 pertanggungjawaban keuangan Dana BOS meliputi:
- Pembukuan
Dalam pengelolaan BOS, sekolah harus menyusun pembukuan secara lengkap sesuai dengan standar pengelolaan pendidikan dan ketentuan peraturan perundang-undangan tentang penatausahaan dan pertanggungjawaban lembaga pengelola keuangan. Pembukuan dan dokumen pendukung yang harus disusun oleh sekolah ialah Rencana Kegiatan dan Anggaran Sekolah (RKAS), Buku Kas Umum, Buku Pembantu Kas, Buku Pembantu Bank, Buku Pembantu Pajak, Opname Kas dan Berita Acara Pemeriksaan Kas, dan Bukti pengeluaran.
- Pelaporan
Laporan merupakan pertanggungjawaban atas pelaksanaan yang dibiayai oleh dana Bantuan Operasional Sekolah (BOS), untuk laporan pertanggungjawaban harus memenuhi laporan Realisasi Penggunaan Dana Tiap Sumber Dana, Rekapitulasi Realisasi Penggunaan BOS, Pencatatan Pelayanan dan Penanganan Pengaduan Masyarakat, Laporan Aset, Laporan ke Dinas Pendidikan, Laporan Online ke Laman BOS.
- Transparansi
Sebagai salah satu bentuk tanggung jawab dalam pengelolaan program dan penggunaan BOS, sekolah harus menyusun dan mempublikasikan dokumen pendukung transparansi informasi secara lengkap. Dokumen pendukung yang wajib dipublikasikan oleh sekolah meliputi Realisasi Penggunaan Dana Tiap Sumber Dana, dan Rekapitulasi Realisasi Penggunaan Dana.