Tahap pertama analisis dalam penelitian kualitatif adalah pengkodean kumpulan data. Pengkodean pada dasarnya berarti memberi label dan membuat kategori untuk bagian atau “potongan” data dalam kumpulan data. Bagi pustakawan, proses ini akan mirip dengan membuat label judul subjek untuk bagian data yang dapat membantu bergerak maju atau memunculkan tema-tema yang muncul di tahap kedua analisis. Salah satu manfaat menggunakan NVivo 12 Pro adalah telah mengembangkan beberapa opsi bagi pengguna untuk mengurutkan, memberi label, dan mengatur data berkode secara hierarkis melalui node dan melalui alat klasifikasi dan pemetaan. Node adalah nama yang digunakan NVivo untuk kode, dan ada dua jenis node: node tematik dan node kasus. Alat klasifikasi memungkinkan pengguna untuk membuat kategori data yang berasal dari satu sumber atau beberapa kasus yang memiliki atribut dan nilai data dan memungkinkan pengguna untuk memetakan data tematik ke data kasus. Alat pemetaan mencakup templat dan representasi visual bagi pengguna untuk berinteraksi dengan dan mengisi dengan data dan hubungan yang dibangun antara potongan data. Alat pengodean, klasifikasi, dan pemetaan ini meningkatkan organisasi tambahan pada data sehingga peneliti dapat meminta data untuk menganalisisnya, menarik kesimpulan, dan memverifikasi temuan di semua unit analisis.
Pengodean tematik di NVivo mudah dilakukan dengan memilih bagian teks dari dokumen sumber, seperti transkrip wawancara atau dari gambar atau jenis dokumen sumber lainnya, lalu menandainya dengan simpul. Simpul dapat dibuat di tempat atau sebelumnya. Pengguna NVivo dapat membuat simpul sebanyak yang mereka rasa perlu dan bahkan mengode ganda bagian teks atau gambar sesuai keinginan mereka. Pengodean warna juga tersedia di NVivo untuk kode. Artinya, pengguna dapat menetapkan warna ke kode tertentu lalu dapat melihat warna yang dikodekan untuk mengidentifikasi celah atau tema dengan warna tersebut. Satu-satunya aspek yang membatasi dari alat ini adalah tidak banyak warna yang dapat dipilih, jadi jika banyak warna yang dibutuhkan, pengguna harus selektif dalam menggunakannya. Dalam alat simpul, peneliti dapat mengembangkan kode induk dan kode anak. Seseorang juga dapat membuat struktur folder di alat nodes untuk memiliki folder untuk pengodean awal dan folder lain untuk pengodean akhir guna mengatur proses pengodean dengan cara yang bermakna.
Alat lain untuk mengkategorikan dan mulai menganalisis data di NVivo meliputi Sentiments dan Relationship Types. Sentiments memungkinkan pengguna untuk menandai data yang mereka anggap positif atau negatif, dengan cara yang bermakna bagi pengguna atau peneliti. Alat Relationship Types memungkinkan pengguna untuk menunjukkan jika hubungan antara dua titik atau bagian data dikaitkan dengan cara yang berbeda. Pengguna dapat menentukan apakah hubungan tersebut bersifat asosiatif secara umum atau searah atau dua arah. Kemampuan untuk memberi kode warna, menerapkan hubungan dan sentimen, serta mengatur data yang bermakna berdasarkan kode, kasus, dan klasifikasi benar-benar menggambarkan mengapa NVivo bermanfaat. Alat ini memungkinkan pengguna untuk melihat data mereka baik dalam tampilan global maupun dalam tampilan yang sangat terperinci yang mungkin tidak dapat diakses dengan mudah oleh peneliti yang tidak menggunakan NVivo.